HPE-medewerkers zetten initiatief op om servers beschikbaar te stellen die mee eiwitstructuur coronavirus helpen ontleden

Hewlett Packard Enterprise (HPE) heeft op initiatief van twee medewerkers, David Vanfroyenhoven en Arnout Verbeken, een honderdtal servers beschikbaar gemaakt voor het BOINC, het distributed computing-platform van de Universiteit van Californië in Berkeley. Het BOINC koppelt computers wereldwijd met elkaar zodat wetenschappelijke instituten dat netwerk kunnen gebruiken voor onderzoek dat erg veel rekenwerk vereist.

De HPE-servers bieden het BOINC de vereiste rekenkracht in zijn onderzoek naar de eiwitstructuur waaruit het coronavirus ontstaat. Die eiwitcombinatie blootleggen is cruciaal met het oog op het onderzoek naar en de ontwikkeling van geneesmiddelen en vaccins tegen COVID-19.

 “Eén van de dertigtal studies die het BOINC zo ondersteunt heet Rosetta@Home, een open-source onderzoek naar de binding van proteïne, om zo de combinatie van eiwitten waaruit COVID-19 ontstaat te onthullen,” doen David en Arnout uit de doeken. “Die combinatie blootleggen zou een enorme stap vooruit zijn in het onderzoek naar en de ontwikkeling van geneesmiddelen en vaccins tegen het coronavirus.”

De rekenkracht die de HPE-servers Rosetta@Home bieden, is broodnodig omdat het onthullen van een proteïnestructuur een huzarenwerk is. De servers ontwerpen en berekenen miljoenen combinaties van zogenaamde aminozuurkettingen. Dat doen ze op basis van de massa’s data die de onderzoekers uploaden. Eén van die kettingen vormt de eiwitstructuur waaruit het coronavirus ontstaat. Bovendien wil de studie zo ook miniproteïnen ontwikkelen die kunnen dienen als basis voor een geneesmiddel of vaccin tegen COVID-19.

De honderdtal HPE ProLiant Servers die HPE ter beschikking stelt zijn de modellen DL, C-class blade en Synergy, een composable infrastructuur. Samen zijn ze goed voor 3.882 zogenaamde centrale verwerkingseenheden en een rekenkracht van 10 teraflops – wat overeenkomt met het vermogen van ongeveer 500 laptops. Die verenigde krachten kunnen nog toenemen omdat medewerkers van HPE Belgium ook hun eigen computers kunnen inzetten.

“COVID-19 kan alleen worden overwonnen door volgehouden, slimme samenwerking. Dat hebben onze medewerkers goed begrepen door de nodige extra servercapaciteit voor het BOINC mogelijk te maken in de research naar het vaccin waar de wereld naar snakt. Ik ben enorm trots op dit initiatief waarmee we hopen mee het verschil te kunnen,” klinkt het bij Stéphane Lahaye, Managing Director Belux HPE. “HPE Belgium prijkt nu op de derde plaats op de ranglijst van het gemiddelde aantal BOINC-contributies; die de hoeveelheid servers, computing jobs en data van instanties in acht neemt. Een prestatie om U tegen te zeggen.”

De details van HPE Belgium’s bijdrage vind je hier.